En el Primer Congreso Nacional, establecido el 4 de julio de 1811, se revelaron fuerzas políticas más reformistas que el año anterior con la Junta de Gobierno. Para conformarlo, se realizaron las primeras elecciones parlamentarias de la historia de Chile. La mayoría fue para el bando de los patriotas “moderados”, con 21 diputados, mientras que los patriotas “exaltados” alcanzaron solo 9 diputados y los realistas 11. Compuesto por 40 miembros, el Congreso sesionó entre el 4 de julio y el 2 de diciembre de 1811, fecha en el que fue disuelto por el último de los cuatros golpes de Estado de José Miguel Carrera Verdugo y sus hermanos Luis y Juan José, inconformes con la inmovilidad que presentaban las sesiones legislativas, quedando José Miguel en el poder.

Ese día, José Miguel Carrera concentró en la plaza principal los tres batallones de línea y las milicias de la guarnición con el pretexto de pasar revista. En su diario personal relata que: “el 2 de diciembre de 1811 cité los cuerpos de caballería a revista de inspección, y, formándolos en la plaza junto con la tropa veterana y parte del pueblo, se pidió que cesasen las sesiones del Congreso, cediéndole al Ejecutivo todos los poderes. Mostraron alguna repugnancia, pero al fin pasaron por todo y se retiraron a descansar a sus casas, algunos a sus haciendas, a ninguno se le hizo la menor extorsión. Los diputados de Concepción fueron detenidos hasta segunda orden, por sospechas que teníamos de aquella provincia, que había aumentado su odio por los continuos reclamos de las facciones de la capital”.

La falta de persecución del derrotado ejército realista después de la Batalla de Chacabuco (12 de febrero de 1817) fue una de las cuestionables decisiones del mando patriota, pues significó que la contienda se prolongara hasta mucho tiempo después. El coronel realista José Ordóñez se había encerrado en Talcahuano, por lo que el entonces Director Supremo, general Bernardo O’Higgins, se dirigió a la ciudad a administrar las operaciones. Del primer reconocimiento de la plaza fortificada de la ciudad, concluyó O’Higgins que era más sólida de lo que había imaginado. Escribió a San Martín: “Ha pensado el Virrey entretenernos en este punto, pero se equivoca. Talcahuano debe ser nuestro”. Era necesario privar a los realistas de los suministros que Ordóñez obtenía de otros puntos ocupados por sus efectivos, de hecho, era dueño de toda la banda sur del Biobío y mantenía allí algunos fuertes. Además estaba en una excelente posición defensiva  y contaba con el dominio marítimo -tenía a su servicio la fragata Venganza y la corbeta Sebastiana, junto a otras embarcaciones armadas. A mediados de octubre, O’Higgins logró iniciar un sitio formal al recinto fortificado al recibir refuerzos desde Santiago, ascendiendo su fuerza a aproximadamente 3.700 hombres. Ordóñez por su parte contaba con cerca de 1.700 efectivos. Al amanecer del 6 de diciembre, las fuerzas patriotas realizaron un asalto a la plaza, pero este resultó un fracaso. O’Higgins debió abandonar esta empresa, pero no se desanimó. Había partido desde Lima una división de 2.300 hombres al mando del general realista Mariano Osorio, por lo que San Martín le ordenó levantar el sitio y retirarse al río Maule, iniciando su retorno en enero de 1818. A mediados de mes había desembarcado en Talcahuano el ejército de Osorio, el cual fue reforzado con las tropas de Ordóñez, comenzando de inmediato la persecución del ejército patriota. 

La revolución estalló en La Serena en septiembre de 1851; el general Manuel Bulnes, habiendo entregado la presidencia, asumió la jefatura del ejército de operaciones, resolviendo iniciar la campaña en dirección al sur, además de desplegar fuerzas secundarias al norte. Finalmente y tras varios enfrentamientos, ambos ejércitos se combatieron el 8 de diciembre en los campos de Loncomilla en una confusa batalla. Las fuerzas de De la Cruz estaban acampadas en las casas de la Hacienda Barros Negros, Bulnes decidió atacarlas poniendo en marcha sus unidades en la noche del día 7. Después de tomar posiciones por ambos lados, abrió fuego. El combate fue sangriento y pronto De la Cruz ya no contaba con su caballería y con un tercio menos de la infantería. El combate terminó con la capitulación de Purapel, firmada el 14 de diciembre. En ella De la Cruz reconocía la autoridad del presidente Manuel Montt y entregaba el mando de sus tropas al general Bulnes, y tal como se expresa en la Memoria del Ministerio de Guerra y Marina de 1852, el tratado estuvo inspirado “en el restablecimiento del orden sin derramar más sangre y que la benignidad del gobierno cicatrice las heridas producidas y restablezca la paz entre las facciones hermanas”. 

Este combate se lleva a cabo en el marco de la llamada “Guerra a Muerte” (1818-1832), término acuñado por el historiador Benjamín Vicuña Mackenna en una obra donde narra esta sangrienta etapa de la historia de Chile. Aunque la victoria en la Batalla de Maipú (5 de abril de 1818) tuvo un carácter decisivo, esta no significó el fin de la lucha por la emancipación nacional. Entre 1818 y 1825, la región centro sur del país – en la zona comprendida entre los ríos Biobío e Itata- fue escenario de una cruenta sucesión de combates y escaramuzas. Su origen fue la disputable decisión de los patriotas de no perseguir a los realistas después de Maipú, lo que permitió su reorganización y dio paso a una campaña de guerrillas y montoneras que se prolongaron durante años.

Uno de estos enfrentamientos se llevó a cabo en Yumbel, al atacar los montoneros realistas la localidad defendida por el capitán Manuel Quintana. El ataque duró cinco horas y terminó al aparecer una partida de 200 hombres en el cerro de la Parra. En este encuentro estaba Manuel Bulnes, de 19 años de edad, que entonces tenía el grado de subteniente de Cazadores.

En 1823, se inicia en Chile un periodo que se ha denominado “Anarquía”, “formación de la República”, “Ensayos constitucionales” o “Proyección de la Independencia”. La elite dividida en dos bandos –pipiolos liberales contra pelucones conservadores-, se disputa el poder para imponer sus principios y proyecto de gobierno. A mediados de 1829 se realizó una elección presidencial, resultando electo Francisco Antonio Pinto. Tras la elección de los liberales -con mayoría en el Congreso-, de Joaquín Vicuña como vicepresidente, se desencadenó una rebelión de la oposición, que resultó en la renuncia de Pinto y la entrega del poder al presidente del Congreso, el liberal Francisco Ramón Vicuña. Paralelamente, el general José Joaquín Prieto, General en Jefe del Ejército de Operaciones del sur, se rebela y avanza hacia Santiago, donde los conservadores comandados por Diego Portales, organizaban un levantamiento. Comienza así la Guerra Civil de 1829-1830.

El 14 de diciembre se enfrentan en Ochagavía con fuerzas equivalentes el ejército revolucionario del general José Joaquín Prieto contra las tropas del gobierno mandadas por el general Francisco de la Lastra, sin alcanzar una victoria decisiva entre ellos. Dos días más tarde se firma el Tratado de Ochagavía, mediante el cual se entregaba al general Ramón Freire el mando supremo de todas las fuerzas del Ejército, debiendo procederse a llamar a nuevas elecciones dentro de dos meses, nombrándose mientras tanto una Junta de Gobierno.

Durante la Guerra contra la Confederación Perú-boliviana, el subteniente araucano Juan Lorenzo Colipí, junto a diez hombres del Batallón Carampangue, retrasaron durante horas en la noche del 17 a la madrugada del 18 el avance de las fuerzas confederadas en el Puente de Llaclla. Para galardonar tal acción, el Gobierno decretó un escudo de honor dedicado a los “A los once del Puente de Llaclla”. Junto con la acción del puente de Buin el 6 de enero de 1839, fue uno de los combates menores pero que tuvo una gran repercusión en el resultado de la guerra al retrasar el avance confederado, otorgando así el tiempo que necesitaba Bulnes para organizar a sus fuerzas defensivamente en la hacienda de San Miguel.

Chile declara la guerra al mariscal Santa Cruz y su Confederación Perú-boliviana, sancionando lo siguiente:

1° El general don Andrés Santa Cruz, presidente de la República de Bolivia, detentador injusto de la soberanía del Perú, amenaza a la independencia de las otras repúblicas sudamericanas.

2° El gobierno peruano, colocado de hecho bajo la influencia del general Santa Cruz, ha consentido en medio de la paz, la invasión del territorio chileno por un armamento de buques de la República peruana, destinado a introducir la discordia y la guerra civil entre los pueblos de Chile.

3° El general Santa Cruz ha vejado contra el derecho de gentes, la personas de un Ministro público de la nación chilena.

4° El Congreso Nacional, a nombre de la República de Chile, insultada en su honor y amenazada en su seguridad interior y exterior, ratifica solemnemente la declaración de guerra hecha con autoridad del Congreso y Gobierno de Chile, por el Ministro Plenipotenciario don Mariano Egaña, al gobierno del general Santa Cruz.

5° El Presidente de la República podrá hacer salir del territorio del Estado el número de tropas de mar o tierra que tuviere por convenientes para emplearlas en los objetos de la presente guerra, y por todo el tiempo de la duración de esta podrán permanecer fuera del territorio de la República. La guerra contra la Confederación duró hasta el año 1839, con la victoria chilena en la Batalla de Yungay, donde el general Bulnes derrota definitivamente al mariscal Santa Cruz.

En el contexto de la Guerra del Pacífico, durante la Campaña de Lima, se produce un enfrentamiento al estar las fuerzas chilenas en el valle de Lurín, camino hacia Chilca, hacia fines de 1880. Esto formaba parte de los preparativos para la Batalla de Chorillos. En conocimiento de que numerosas fuerzas chilenas habían desembarcado en Chilca y le dejaban cortada su retirada a Lima, el coronel peruano Sevilla se dirigió con el regimiento Cazadores del Rímac hacia Calango el día 24 de diciembre, en el valle de Mala. Desde allí se dirigió a Lurín en la noche del 27 al 28. Por un mensajero que Sevilla envió a Lima, capturado por el servicio de seguridad de la brigada del coronel chileno Orozimbo Barbosa, supo este que los Cazadores del Rímac se aproximaban a la quebrada de El Manzano, con intención de caer al valle de Lurín.

A las 3 de la madrugada del día 28, tropas de infantería chilenas situadas en la citada quebrada sorprendieron al regimiento enemigo y 132 jinetes (entre ellos el coronel Sevilla y 8 oficiales) fueron capturados: 120 caballares, algunas armas y los instrumentos de3 la banda de músicos, constituyeron el botín de los vencedores. Luego se prosiguió a realizar reconocimientos hacia las posiciones peruanas en el Morro del Solar, Santa Teresa y San Juan, y más tarde en el portezuelo de Ate o La Rinconada.

Asume el cargo de Capitán General de Chile don Francisco Casimiro Marcó del Pont, en reemplazo de Mariano Osorio, durante el periodo de la Reconquista española. Se convertirá en el último gobernador realista de Chile, cargo que ejercerá hasta su huida el 5 de abril de 1818, tras la derrota en la Batalla de Maipú. Mientras Chile estuvo en manos de gobernadores realistas, algunos de los americanos que habían apoyado la causa vieron sus bienes incautados, prohibidos sus traslados sin autorización y la libre tenencia de armas, incluso la celebración de fiestas y reuniones populares ya no podían tener lugar. El presidio político se volvió una amenaza real y constante, habilitándose la isla de Juan Fernández como prisión. El destierro afectó a miles de patriotas y varios se vieron obligados a emigrar a Mendoza, donde fueron recibidos amistosamente por los trasandinos.