La pugna entre Chile y Bolivia relativa a los límites y tratados que los regulaban comienza a incrementarse, por lo que Chile toma los resguardos necesarios. Al no llegar acuerdo entre ambos países y ante el inminente remate de las salitreras chilenas en territorio boliviano, Chile opta por ocupar militarmente la ciudad de Antofagasta.

Se dispone que en el blindado Cochrane y la fragata O’Higgins se embarcaran dos compañías al mando del coronel Emilio Sotomayor Baeza para tomar posesión del puerto de Antofagasta, del litoral y puntos del interior de mayor importancia militar antes de que se llevara efecto el remate de las salitreras, fijado para el 14 de febrero.

La escuadrilla, compuesta por el Blanco Encalada, el Cochrane y la O’Higgins, entra en la bahía. A las 8 am, Sotomayor envía un emisario a tierra para comunicar al prefecto Zapata la toma de posesión de la ciudad. Este responde con una nota formulando una protesta formal y se asila en la casa del Cónsul del Perú, ante la imposibilidad de presentar resistencia con la fuerza bajo su mando.

Desde los buques chilenos desembarcan una compañía de artillería de marina al mando del capitán José Ramón Vidaurre y una de artillería de montaña comandada por el capitán Exequiel Fuentes, las que tomaron posesión de la ciudad sin inconvenientes. En la rada, lanchas de las unidades navales chilenas efectuaban patrullajes en prevención de cualquier sorpresa. Sotomayor además toma una serie de medidas de importancia militar, como unir la ciudad de Antofagasta con el poblado minero de Caldera, la construcción de barracas y bodegas para el alojamiento de tropas y almacenaje de pertrechos, la ocupación de Mejillones y el inicio de los trabajos para unir Antofagasta con Valparaíso por medio de un cable submarino que queda conectado el día 21 de mayo.

Nicanor Zenteno asume el cargo de gobernador de Antofagasta y organiza los servicios administrativos. Se crean cuatro batallones cívicos con chilenos residentes en la zona, que cubrieron Caracoles, Carmen Alto y la propia Antofagasta, que fue fortificada.