La ocupación de la ciudad de Iquique fue la consecuencia directa de la victoria obtenida en la batalla de San Francisco.

Las marinerías de las embarcaciones chilenas “Cochrane” y “Blanco” que bloqueaban el puerto de Iquique, a requerimiento de los representantes consulares, ocuparon la ciudad que había sido abandonada por las autoridades y funcionarios peruanos. En la tarde de ese día el coronel Emilio Sotomayor se trasladó a Iquique junto a un batallón del Regimiento Esmeralda -en cuyas filas se encontraba el entonces subteniente Ignacio Carrera Pinto-, tomando posesión de la plaza sin ninguna resistencia. Más tarde, se nombra como Comandante General de Armas de la ciudad al capitán de navío Patricio Lynch.

Los prisioneros de la “Esmeralda” que se encontraban en la zona fueron embarcados y festejados en el “Cochrane”.