Nació del proceso de discusión y evaluación de la Guerra del Pacífico y su fundación es el mayor alcance logrado en el proceso de profesionalización del Ejército. Se constituyó en el primer instituto en formar a Oficiales de Estado Mayor y en incorporar el nivel operativo en la conducción militar.

Su evolución como establecimiento docente superior ha considerado la diversificación y la multiplicación de estudios, el aumento de títulos y grados que otorga, consolida su solidez con el reconocimiento del Ministerio de Educación como Instituto de Educación Superior en 1990, con la difusión de la Ley Orgánica Constitucional de Educación, facultándola para entregar títulos profesionales y grados académicos a profesionales militares y civiles que estudien en sus aulas.

La misión fundamental de la Academia de Guerra es formar especialistas de Estado Mayor, capacitando a los oficiales para la conducción, mando y asesoría en todos los escalones institucionales, en los niveles táctico, operativo, estratégico y conjunto. Además, tiene como objetivo la preparación profesional y general del oficial de acuerdo al avance de las ciencias, capacitándolo para desempeñarse en las actividades relacionadas con los campos de acción que conforman las áreas de Desarrollo y la Seguridad Nacional.

El primer cuartel ocupado por la Academia fue el edificio ubicado entre las calles de Morandé y Teatinos, en la Alameda de las Delicias. Uno año más tarde, la Academia se trasladó al Edificio Alcázar, de la Escuela Militar, para posteriormente ubicarse en la Alameda con García Reyes. Finalmente, a partir de 1974, se traslada a la comuna de La Reina, donde se encuentra actualmente.